Недавно столкнулись с такой же проблемой.
База была тоже на флешке. У флешки ограниченное число циклов записи, потом начинаются ошибки записи или чтения. Т.к. вы работали довольно давно (где-то выше это было), возможно вы исчерпали эти циклы. 1С открывает очень много файлов одновременно.
Попробуйте скопировать вашу базу просто на комп. Мы отделались парой нескопированных файлов, которые особо и не важны, но базу вернули. А флешку нужно форматировать. Если не скопируется, боюсь вас спасет только архивная выгрузка (если есть).