Вообще, как мне кажется, это в первую очередь вопрос организационный. Надо объяснить людям, что если счет такой - то выбираем отсюда, если сякой - то оттуда. Причем объяснить это должен программист главбуху, а главбух уже своим подчиненным. И если кто-то забудет, что об этом говорили - ну давать лящей надо.
Можно в модуле регистра бухгалтерии сделать проверку. Но она будет срабатывать только в момент проведения документа. Т.е. пользователь может набить 100500 строк, а только при проведении он получит сообщение, что в 100300 строках неправильно заполнено субконто. Я думаю, что радости пользователя не будет предела

.