Добится того чтобы проблему можно было стабильно наблюдать.
Воссоздать проблему и при помощи "замера производительности" найти проблемное место в коде.
Скорее всего это:
или запрос - в таком случае может помочь индексация полей из разделов ГДЕ, СОЕДИНЕНИЕ ... ПО
или частое разыменование ссылок, например:
Контрагент.ОсновнойДоговорКонтрагента.ВалютаВзаиморасчетов
В этом примере для получения валюты договора был полностью получен договор контрагента, то-есть ради одного реквизита договора база должна была прочитать все его реквизиты. Это исправляется опять же на уровне запросов - необходимо получать сразу тот реквизит, который нужен.