У меня была подобная задача... все числилось на складах фирмы 1, но торговать могла и фирма 2, причем на складах по фирме 2 на начало и конец дня должон быть полный 0. И торговля через фирму 2 была не исключением, а скорее наоборот)
Решение может показаться извратным, но уже 7 лет прошло - так что мне даже стыдно не будет
1. Счет формируется от фирмы 1 - по нему резервируется товар.
2. На основании формируется и распечатывается(но не проводится) полный пакет документов от фирмы 2.
3. По окончании дня запускается обработка, которая собирает все проданное фирмой 2, снимает его с резерва в фирме 1, формирует началом дня РН с фирмы 1 и ПН на фирму 2, и, в конце концов, проводит доки отгрузки по фирме 2.
В типовой ТиС (позже - в комплексной) пришлось всего лишь "разрешить" создавать доки фирмы 2 на основании Счета от фирмы 1 и печатать непроведенные документы фирме 2. Вот и вся перекройка типовой. Остальное делала обработка.
ЗЫ. С типовой работать легко до тех пор, пока гладишь ее по шерсти)))