В оборотно сальдовій відомості, скажімо, по 631 рахунку один платіжний документ ділиться на дві суми - аванс і заборгованість, навіть якщо не використовувати рахунок авансів чи ставити його аналогічним рахунку розрахунків? Як можна уникнути подібного?

Где-то здесь явно пропущено несколько слов, а штатные телепаты в отпуске.

Тобто? Що саме пропущено? Наприклад, рахунок розрахунків 631... Рахунок авансів - 631. В результаті маємо дві суми в оборотці, одне платіжне доручення. Той же рахунок 631, рахунок авансів в платіжному доручені відсутній - також маємо дві суми. Розрахунок йде по договору в цілому.

То есть если в счете авансов поставить 631 - то сумма на него и идет. Только что проверил.

А если первое событие РН на половину суммы?

Незаполненный счет авансов и заполненный счет авансов 631 - это разные значения, могут не закрываться по расчетным документам. Даже если по договору в целом ведете, и субконто должно подбираться автоматически.