Расчеты с бюджетом в системе электронного администрирования НДС осуществляются со счетов, открытых налогоплательщикам в системе электронного администрирования, кроме случая, предусмотренного абз. 2 п. 87.1 НКУ (ст. 200 ¹ .2 НКУ).

В случае подачи плательщиком НДС уточняющих расчетов к налоговым декларациям по НДС за предыдущие отчетные (налоговые) периоды, которые предусматривают увеличение налоговых обязательств, подлежащих перечислению в бюджет, ГНС не позднее следующего рабочего дня подачи таких уточняющих расчетов, направляет казначейской службе реестр плательщиков НДС, в котором указываются, в частности суммы НДС, подлежащие перечислению в бюджет (п. 20 Порядка электронного администрирования налога на добавленную стоимость, утвержденного постановлением КМУ от 16.10.2014 г. № 569).

Уплата предусмотренных НКУ штрафных санкций и пени осуществляются плательщиком НДС с текущего счета в соответствующий бюджет (п. 25 Порядка № 569).

Следовательно, в случае подачи уточняющих расчетов в налоговую отчетность по НДС, предусматривающих увеличение налоговых обязательств, плательщики НДС должны необходимую сумму, подлежащую перечислению в бюджет, заплатить на электронный счет.