Расчеты с бюджетом в системе электронного администрирования НДС осуществляются со счетов, открытых плательщикам НДС в системе электронного администрирования НДС, кроме случая, предусмотренного абзацем вторым п. 87.1 НКУ (ст. 200¹.2 НКУ).

Механизм проведения расчетов с бюджетом с использованием электронных счетов определен Порядком электронного администрирования налога на добавленную стоимость, утвержденного постановлением КМУ от 16.10.2014 г. № 569 (далее - Порядок № 569).

В частности, п. 20 Порядка № 569 предусмотрено, что в случае подачи плательщиком НДС уточняющих расчетов к налоговым декларациям по НДС за предыдущие отчетные (налоговые) периоды, которые предусматривают увеличение налоговых обязательств по НДС, подлежащих перечислению в бюджет, для перечисления таких обязательств в бюджет ГФС не позднее следующего рабочего дня подачи таких уточняющих расчетов направляет Государственной казначейской службе Украины (далее - Казначейство) реестр плательщиков НДС, в котором указываются, в частности, суммы НДС, подлежащие перечислению в бюджет.

На основании такого реестра Казначейство перечисляет суммы НДС в бюджет.

При этом, п. 25 Порядка № 569 предусмотрено, что уплата налоговых обязательств, определенных контролирующим органом в соответствии с подпунктами 54.3.1, 54.3.2, 54.3.5, 54.3.6 НКУ, и уплата предусмотренных НКУ штрафных санкций и пени осуществляются плательщиком НДС с текущего счета в соответствующий бюджет.

В случае подачи уточняющих расчетов к налоговой отчетности по НДС, предусматривающих увеличение налоговых обязательств по НДС, плательщики НДС должны необходимую сумму, подлежащую перечислению в бюджет, заплатить на электронный счет.

При этом, сумма штрафных санкций и пени в случае подачи уточняющего расчета к налоговой декларации по НДС, налоговые обязательства, определенные контролирующим органом в соответствии с подпунктами 54.3.1, 54.3.2, 54.3.5, 54.3.6 НКУ, а также начисленная контролирующим органом штрафная санкция и пеня уплачиваются в бюджет с текущего счета.