Згідно з п. 1 розділу ІІ Порядку ведення органами Державної фіскальної служби України оперативного обліку податків і зборів, митних та інших платежів до бюджетів, єдиного внеску на загальнообов’язкове державне соціальне страхування, затвердженого наказом Міністерства фінансів України від 07.04.2016 р. № 422 (далі – Порядок №422), облік нарахованих і сплачених сум податків, зборів, митних та інших платежів до бюджетів, єдиного внеску відображається в інтегрованій картці платника (далі – ІПК) окремими обліковими операціями в хронологічному порядку. При цьому кожна операція фіксується в окремому рядку із зазначенням виду операції та дати її проведення. Згідно із п. п. 3 п. 6 розділу ІІІ Порядку № 422 після рознесення до ІКП інформації про суму відшкодування ПДВ на рахунок платника або зменшення такої суми за уточненим розрахунком, поданим до раніше поданої звітності, в ІКП платника зменшується залишок бюджетного відшкодування за відповідний звітний (податковий) період, а при його недостатності відбувається зменшення позитивного сальдо розрахунків платника з бюджетом в календарній черговості його виникнення, при відсутності позитивного сальдо виникає податковий борг.

Зменшення в ІКП сум бюджетного відшкодування ПДВ при погашенні грошових зобов’язань платника податків та пені з ПДВ відбувається у календарній черговості їх виникнення.

Згідно з п. 9 Порядку електронного адміністрування податку на додану вартість платник податку має право зареєструвати податкові накладні та/або розрахунки коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних (далі – ЄРПН) на суму податку (∑Накл) (далі – реєстраційна сума), обчислену за такою формулою:

∑Накл = ∑НаклОтр + ∑Митн + ∑ПопРах + ∑Овердрафт - ∑НаклВид - ∑Відшкод - ∑Перевищ,

де, зокрема ∑Відшкод – загальна сума податку, заявлена платником до бюджетного відшкодування з урахуванням сум коригувань та результатів перевірок, що проводяться відповідно до Податкового кодексу України.

Отже, при поданні уточнюючого розрахунку податкових зобов’язань з ПДВ, за результатами подання якого зменшено суму бюджетного відшкодування, на суму такого зменшення збільшується реєстраційна сума в системі електронного адміністрування ПДВ.