За відсутності в платника ПДВ на дату подання ним податкової звітності з ПДВ податкового боргу із цього податку він має право задекларувати суму від’ємного значення ПДВ, сформовану за результатами такої податкової звітності, до бюджетного відшкодування в рахунок сплати його грошових зобов’язань з інших платежів, що сплачуються до Держбюджету. Таке бюджетне відшкодування сум ПДВ здійснюється після узгодження контролюючим органом заявленої суми бюджетного відшкодування за результатами перевірки.

Однак ГУ ДФС у м. Києві в [необходимо зарегистрироваться для просмотра ссылки] указує: щодо процедури зарахування суми від’ємного значення, котра підлягає бюджетному відшкодуванню в рахунок сплати грошових зобов'язань або погашення податкового боргу з інших платежів, що сплачуються до державного бюджету, то ці операції може бути здійснено після введення в експлуатацію відповідного програмного забезпечення.