Податковим кодексом України визначено, що у разі наявності у платника податку податкового боргу з ПДВ бюджетному відшкодуванню підлягає заявлена сума ПДВ, зменшена на суму такого податкового боргу. У разі відсутності податкового боргу з ПДВ, такий платник має право задекларувати суму від'ємного значення ПДВ, сформовану за результатами такої податкової звітності, до бюджетного відшкодування в рахунок погашення податкового боргу такого платника податку з інших платежів, що сплачуються до Державного бюджету України.

У Заяві про повернення суми бюджетного відшкодування та/або суми коштів на рахунку у системі електронного адміністрування податку на додану вартість платника податку, що перевищує суму, яка підлягає перерахуванню до бюджету (Додаток 4 до податкової декларації з ПДВ), яка подається у зв'язку з декларуванням від'ємного значення до бюджетного відшкодування, у відповідній таблиці в розрізі платежів відображаються коди бюджетної класифікації, рахунки платежу в ДКСУ, на які платник бажає перерахувати суму ПДВ, відображену в рядку 20.2.2 податкової декларації з ПДВ. Код бюджетної класифікації згідно з класифікацією доходів бюджету у 2016 році встановлено Законом України від 25 грудня 2015 року №928-VIII "Про Державний бюджет України на 2016 рік".

Бюджетне відшкодування сум ПДВ в рахунок погашення податкового боргу такого платника податку з інших платежів, що сплачуються до Державного бюджету України здійснюється після узгодження контролюючим органом заявленої суми бюджетного відшкодування за результатами перевірки.