Макет это и есть "внутренняя форма", он может быть в документе или Общие - ОбщиеМакеты.
Вашей конфигурации у меня нет, варианты выбора внешний/внутренний:
1. В коде проверка на наличие файла внешней формы в определенном каталоге ИБ. Если файла нет(удален) - используется макет документа.
2. Если есть справочник ВнешниеОбработки(или что-то наподобие) и там подключена внешняя форма - то используется она.
*Области макета и весь макет можно копировать/вставлять - примерно как в Экселе.
Обновляются ли внешние формы - зависит от конфигурации, в вашей, похоже, нет.
ЗЫ. С обновлением конфигурации проблем не будет - будут показаны изменения в конфигурациях с возможностью выбора - что обновлять, что оставить как сам сделал. Ну, и
вручную нажать кноп Выполнить - это, собсно, и есть потеря "автоматического режима"