Відповідно до п.86.7 ст.86 ПКУ у разі незгоди платника податків або його законних представників з висновками перевірки чи фактами і даними, викладеними в акті (довідці) перевірки, вони мають право подати свої заперечення до органу державної податкової служби за основним місцем обліку такого платника податків протягом п’яти робочих днів з дня отримання акта (довідки). Такі заперечення розглядаються органом державної податкової служби протягом п’яти робочих днів, що настають за днем їх отримання (днем завершення перевірки, проведеної у зв’язку з необхідністю з’ясування обставин, що не були досліджені під час перевірки та зазначені у зауваженнях), та платнику податків надсилається відповідь у порядку, визначеному ст.58 ПКУ для надсилання (вручення) податкових повідомлень-рішень. Платник податку (його уповноважена особа та/або представник) має право брати участь у розгляді заперечень, про що такий платник податку зазначає у запереченнях. У разі якщо платник податку виявив бажання взяти участь у розгляді його заперечень до акта перевірки, орган державної податкової служби зобов’язаний повідомити такого платника податків про місце і час проведення такого розгляду. Таке повідомлення надсилається платнику податків не пізніше наступного робочого дня з дня отримання від нього заперечень, але не пізніше ніж за два робочих дні до дня їх розгляду.

Участь керівника відповідного органу державної податкової служби (або уповноваженого ним представника) у розгляді заперечень платника податків до акта перевірки є обов’язковою. Такі заперечення є невід’ємною частиною акта (довідки) перевірки.

Рішення про визначення грошових зобов’язань приймається керівником органу державної податкової служби (або його заступником) з урахуванням результатів розгляду заперечень платника податків (у разі їх наявності). Платник податків або його законний представник може бути присутнім під час прийняття такого рішення.

У разі, якщо суб’єктом господарювання подано заперечення несвоєчасно та з недотриманням передбаченого п.86.7 ст.86 Податкового кодексу п’ятиденного строку подання заперечень до акта фактичної перевірки, контролюючий орган розглядає заперечення та повідомляє, що суб’єктом господарювання подано заперечення з недотримання строків подання.

Якщо суб’єктом господарювання несвоєчасно подано заперечення до акта фактичної перевірки, згідно зі ст. 56 Податкового кодексу він має право на оскарження рішення про застосування штрафних (фінансових) санкцій у строки, визначені чинним законодавством, в адміністративному або судовому порядку.