Давайте котлеты отдельно.
1. Есть остатки ТМЦ, оприходованные по старому Назначению - это исправляется доком "Изменение..." (если этого не сделать - не будет списывать по новому Назначению)
2. Новое Назначение (чтобы оно подтягивалось в документы) нужно установить. Это делается в регистре Счета учета номенклатуры - обратите внимание: если значение в строке регистра не заполнено - значит "для всех", т. е. Назначение(и счета учета) можно привязать к Организации, Складу, группе(!) справочника Номенклатура, к элементу справочника Номенклатура. Приоритет - снизу вверх, т. е. если параметры указаны непосредственно для Номенклатуры - все остальное игнорируется.
При перепрведении документов прошлых периодов - ничего не изменится, если не перевыбирать Номенклатуру. А если нужно перевыбирать - исправляйте в строках документа. Это расплата за зло(работу через заднее число)