Только так?
А наподобие следующего нельзя?
Мета = Новый Структура();
Для Каждого ТекТипМД Из Метаданные Цикл
Если Не ПустоеЗначение(ТекТипМД) Тогда // Есть метаданные текущего типа
спТекМета = Новый СписокЗначений();
Для Каждого ТекМД из Метаданные(ТекТипМД) Цикл
спТекМета.Добавить(ТекМД);
КонецЦикла;
Мета.Вставить(ТекТипМД, спТекМета);
КонецЕсли;
КонецЦикла;