Если вы ставите эмулятор ключа (аппаратной лицензии) - не должно возникать конфликта с программной. При установленом флажке "использовать аппаратную лицензию(ключ защиты) он будет обращаться к эмулятору.
Лицензия в реестре не записываеться. Можете попробовать снести 1С через установку удаление программ.
1С Предприятие 8.3, 1С Предприятие 8.2, 1С Предприятие 8.1, 1С Предприятие 8.0, 1С Предприятие 7.7, Литература 1С, Общие вопросы по администрированию 1С, Методическая поддержка 1С - всё в одном месте: на Украинском 1С форуме!