Я бы сделал по другому.
Скопировал базу
В первой пометил на удаление и удалил все документы по первой орг, а во второй по второй.
Цитата(Father Fury @ 13.09.15, 1:19)

Начальные данные:
База 1С 8.2 Бухгалтерия для Украины. Учет ведется по двум предприятиям в одной базе.
Задача:
Вести учет в двух разных базах.
Попытка:
Через правила обмена по организации сделал две базы.
Проблема:
1. Пользователи не перенеслись.
2. В журналах не видно ни одного документа.
Вопросы:
1. Что я сделал не так?
2. Как сделать правильно?
P.S. В ОСВ данные есть. По ссылке открываются все (обратного не обнаружено) документы.