Нашел место откуда возникает предоплата.
Предоплата в "Реализации" воскресает, если делать документ Реализации на основании другого документа, в частности на основании Заказа.
Процедура ОбработкаЗаполнения(Основание)
*************
Если ЗначениеЗаполнено(ДоговорКонтрагента) Тогда
УправлениеВзаиморасчетами.ДополнитьСтруктуруПараметровДляЗаполненияТаблицыДокументовРасчетов(ЭтотОбъект, мСтруктураПараметровВзаиморасчетов);
УправлениеВзаиморасчетами.ЗаполнитьТаблицуДокументовРасчетовСКонтрагентом(ЭтотОбъект, мСтруктураПараметровВзаиморасчетов);
КонецЕсли;
КонецПроцедуры // ОбработкаЗаполнения()
Т.е. неправильно оформленные ранее документы (Возврат, Оплаты) воспринимает из Регистра ВзаиморасчетыСКонтрагентомПоДокументамРасчетов как предоплата и вставляет...
Только вот всплывает вопрос, почему эти грабли не мешают правильности по отчетам... Т.е. я просмотрел эти кривые документы, пересчитал в ручную задолженности и задолженность вышла правильной...
Ну и теперь основной вопрос: ремачить этот код или нет? Ведь его для чего-та написали...