В объектах 1С:Предприятия 8 существует два способа установить префикс автонумерации.

Во-первых, можно передать префикс в качестве параметра в методах УстановитьНовыйКод() / УстановитьНовыйНомер().
Во-вторых, можно установить префикс в обработчиках событий ПриУстановкеНовогоКода / ПриУстановкеНовогоНомера.

Предпочтительно использование второго варианта. Он позволяет организовать единообразную, стандартизированную установку префикса во всех случаях установки нового кода (номера).
В этом варианте префикс должен определяться в модуле объекта на основе данных объекта, а также, возможно, общей нормативно-справочной информации.
Пример:

Процедура  ПриУстановкеНовогоНомера(СтандартнаяОбработка,Префикс) 
Префикс = Организация.Префикс;
КонецПроцедуры

В этом варианте установка префикса реализована в самом объекте, что позволяет использовать объект, не заботясь о назначении префикса в алгоритмах, которые создают и записывают объект.
Важно, что в этом варианте, префикс будет правильно установлен и в случае его автоматического определения при записи объекта, так как система автоматически вызовет обработчик перед установкой номера.

Первый вариант можно использовать при этом в отдельных случаях, когда значение префикса для конкретного экземпляра объекта по тем или иным причинам должно отличаться от определяемого стандартным способом для этого типа объектов.