Если накладные относятся к одному договору, у которого вид взаиморасчетов "По договору в целом", то даже "Список" делать не нужно, просто по этому же договору делается общий платеж на всю сумму. Список используется для оплаты по нескольким договорам или нескольких расчетных документов для договора с видом взаиморасчетов "По расчетным документам". Вид взаиморасчетов указан в самом договоре.

Я тоже долго мучался с зарплатой, пока не понял главный принцип. Документы должны заполняться (не только проводиться, но и заполняться) в нужном порядке

1. Начисление аванса (Начисление ЗП по предварительному расчету)
2. Ведомость выплаты (Аванс по предварительному расчету)
3. Платежки по налогам и ЗП
4. Начисление ЗП (основное)
5. Ведомость выплаты (Основная ЗП)
6. Платежки по налогам и ЗП

Как только что-то ранше предыдущего создаешь начинаются такие эффекты. (Даже отмена проведения не помогает - проще удалить и пересоздать)

Не поленился, попробовал то что пришло в голову...
Заходим в Зарплата - Начисления организаций
Добавляем копированием тот способ который нужно (по дням, по часам... какой нужно) столько раз - сколько номенклатурных груп (называем начисления соответственно)
В результате при приеме на работу можно их выбирать в начисления с определенной ставкой,
Для каждого начисления указываете способ отражения ЗП (отдельный способ отражения для каждой номенклатурной группы)
Причем в верхней таблице где должность сотрудника способ отражения не указываем - только в нижней для каждого начисления.
Получится примерно такой прием на работу:
==============
Сотрудник 1
Сотрудник 2
==============
Сотрудник 1 / начисление 1 / способ отражения 1
Сотрудник 1 / начисление 2 / способ отражения 2
Сотрудник 1 / начисление 3 / способ отражения 3
Сотрудник 2 / начисление 1 / способ отражения 1
Сотрудник 2 / начисление 2 / способ отражения 2
Сотрудник 2 / начисление 3 / способ отражения 3

Проверил, начисляется каждому три оклада (которые при начислении корректируются по выработке)
Если что, обращайтесь за деталями...