Проблему помог решить программист. Если кому-то интересно (может была такая же проблема):
В документе "Оказание производственных услуг" должна совпадать Номенклатурная группа, указанная в закладке "Счёт затрат" документа и Номенклатурная группа в строчках по каждому виду услуг в закладке "Услуги" (сюда её затягивает из номенклатурной карточки (закладка Основные/Учёт производства)). У меня были услуги с Номенклатурными группами, которые отличались от того, что было указано в закладке Счёт затрат.