Столкнулся с прблемой при установке iis 6 на х64 сервере! "%1 не является приложением Win32". Для устранения проблемы необходимо перевести iis в режим запуска х32 приложений + переустановить ASP.NET так ка получите такое сообщение "Service Unavailable".
Вот код команд которые необходимо выполнить в коммандной строке:
cd %systemdrive%\Inetpub\AdminScripts
cscript.exe adsutil.vbs set W3SVC/AppPools/Enable32BitAppOnWin64 1
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\aspnet_regiis.exe -i -enable
iisreset