Я тоже встречался с этим косяком, так и не понял с чем он связан, но суть в следующем - если делать обновление сразу по всей конфигурации, то часть объектов не обновляется (как оно и было описано выше), но если делать обновление блоками - отдельно обновить все документы, отдельно обновть все отчеты, ... - то глюк исчезает, обновление проходит нормально. Похоже просто на внутренний глюк системы, может где ссылки в конфигурации повисшие, может еще чего. Но мне помогло.