у меня получилось обновиться с 1.2.27.2 на 1.3.6.2 при помощи CF-файла, сформированного в базе, которая изначально была на 1.3-ветке.
при нормальном обновлении вылезали такие же беды, как и у топикстартера.
я склоняюсь, что "не так" именно со стороны 1С, хотя сам в конфигурации, которая не хочет обновляться немного игрался с поставками - создавал из разработки свои файлы поставки и обновлял с их помощью (название, поставщик, версии сохранил оригинальные).

"ну ви блін дайоте"...

ви як програміст маєте знати, що є дані а є їх відображення.
реквізити - хоч документа, хоч обработки, хоч форми - це дані.
елементи форми - це відображення даних. (ну крім елементів оздоблення).

ви міняєте дані (реквізит) - система міняє також і їх відображення. передавати у функцію слід дані (реквізит1), а не їх відображення (ЕлементиФорми.Реквізит1).