Хоть и теме год, но тоже прокоментирую
Раньше тоже забивал на пустые строчки. Но при очередном капризном заказчике решил еще раз заняться и эмпиричиским путем было выяснено, что при такой записи:
РегистрНакопления.Товары.ОстаткиИОбороты( , , Авто, Движения, ) КАК ТоварыОстаткиИОбороты
группировки по регистратору выводятся нормально