Проблему решил следующим образом:
скачал Allway Sync и настроил синхронизацию локальной папки с фтп, а обмен в 1с настроил через файловый ресурс.
мою проблему это решило, но все равно интересно почему через фтп 1с-ка не хочет работать.
Vofka спасибо.