Проблему решил следующим образом:

1. Переписал на листик значения измененных реквизитов в налоговой накладной. Ими оказались изменённые длина и точность вычислений.
2. Обновил только налоговую накладную и Приложение 2 (только эти доки интересовали бухов).
3. После обновления вернул назад значения длины и точности вычислений реквизитов. Затем сохранил изменения.
4. В модуле НН в процедурах печати подописывал метод "получить(датадок)" для объекта Фирма.НомерСвидетельства, чтобы в старых формах корректно отображалось это значение. Все дело в том, что в стандартной конфигурации подразумевается, что реквизит НомерСвидетельства непериодический, а в текущей конфе он был изменен на периодический (просто у фирмы менялся номер свидетельства за период ведения базы). Значит его значение можно получить методом "получить(датадок)".

Спасибо всем за комментарии и участие в решении проблемы.