Долго мучалась с подобной проблемой. После долгих пинаний сисадмина проброска эмуляционного ком порта на сервер с последующим использованием его в 1с увенчалась успехом. Но радость была недолгой. В ситуации: несколько пользователей и несколько сканеров настройки постоянно или слетали или пробрасываемые ком-порта конфликтовали между собой. а если к этому добавить хаотическое перемещение пользователей между компами и постоянной заменой сканеров друг на друга пришли к выводу, что проблема не только не решена, а еще и усугубилась. Но! Решение вроде как есть.
Отказываемся от эмулятора, возвращаем сканер в решим клавиатуры, не используем его как торговое оборудование. Надо всего лишь научить сканер передавать в префиксе символ F7. Тогда в 1с будет отрабатывать команда горячей клавиши, запускаться "Ввод штрихкода" и отрабатывать Enter (#13 в суффиксе)