Лично у меня, на самой последней версии БП, проблемма оказалась в том, что в справочнике "Регламентированные отчеты" в группе "Первичные налоговые документы" у элемента "Первичные налоговые документы" было установле флаг использовать не "объект" (предустановленное значение), а "файл". Переставил флаг на "Объект" (РегламентированныйОтчетНалоговаяНакладная) и все стало хорошо. Возможно Ваш случай.