Тоже боролся с этой проблемой по поводу двоения ЕСВ и НДФЛ больничных, проблема решилась так
1.начисление по больничному.
2.на основании делаем заявку
3.делаем начисление зарплаты
4.начисление в регламентном учете
5.на соновании заявки делаю входящую платежку
6.И теперь самое важное...первой ведомостью Вы должны сделать ведомость на выплату больничных за счет ФСС и провести ее.
7.на основании расходный ордер
8 формирую платежки на налоги из больничного через помощник формирования.
платежки все провести и сверить налоги по больничному.
только потом выписываем остальные ведомости на З/п.ТУТ ОЧЕНЬ ВАЖНО СОХРАНЯТЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ.
с этого момента у меня налоги не двоятся.

Но есть еще вариант можно оставить все как есть наши програмисти говорят что программа сделает перерасчет в следующем месяце и можно не бояться ничего. но увы меня это не устраивает, потому что можно потом запутаться отслеживать налоги.