можно еще попробовать в процедуре ПриИзменении() для поля количества программно перейти на нужный элемент через ЭтаФорма.ТекущийЭлемент=

так попробуйте

ТекСсылка=Справочники.Товары.НайтиПоКоду(Элемент.Значение);
ЭлементыФормы.СправочникДерево.ТекущаяСтрока=ТекСсылка;

А свойство "Данные" у этих двух флажков случайно не совпадает? возможная причина - они могут быть привязаны к значению одной и той же переменной (реквизиту формы), поэтому и отмечаются синхронно

можно попробовать так:
а).в режиме конфигуратора в схеме компоновки напротив нужного параметра ставим флажок "ограничение доступности"
б).изменяем процедуру формирования отчета в форме, вместо стандартной вставляем что-то типа

Процедура СформироватьОтчет()
КомпоновщикМакета=Новый КомпоновщикМакетаКомпоновкиДанных;
МакетКомпоновки=КомпоновщикМакета.Выполнить(ОтчетОбъект.СхемаКомпоновкиДанных, ОтчетОбъект.КомпоновщикНастроек.Настройки);
//в этот момент подставляем нужный параметр
МакетКомпоновки.ЗначенияПараметров.Контрагент.Значение=НужныйКонтрагент;
ПроцессорКомпоновки=Новый ПроцессорКомпоновкиДанных;
ПроцессорКомпоновки.Инициализировать(МакетКомпоновки,,,Истина);
ПроцессорВывода=Новый ПроцессорВыводаРезультатаКомпоновкиДанныхВТабличныйДокумент;
ПроцессорВывода.ОтображатьПроцентВывода=Истина;
ПроцессорВывода.УстановитьДокумент(ЭлементыФормы.ТабДок);
ПроцессорВывода.НачатьВывод();
Пока Истина Цикл
    СледЭлемент=ПроцессорКомпоновки.Следующий();
    Если СледЭлемент=Неопределено Тогда
        Прервать;
    Иначе 
        ПроцессорВывода.ВывестиЭлемент(СледЭлемент);
    КонецЕсли;
КонецЦикла;
ПроцессорВывода.ЗакончитьВывод();
КонецПроцедуры

параметр в режиме пользователя задается в форме настроек отчета Настройки-ПараметрыДанных (это при схеме компоновки в стандартном случае), код не нужен

РольДоступна (IsInRole)
Синтаксис:
РольДоступна(<Роль>)
Параметры:
<Роль> (обязательный)
Тип: Строка, ОбъектМетаданных: Роль. Название роли как она задана в конфигураторе или объект описания метаданного роли.
Возвращаемое значение:
Тип: Булево. Истина - роль доступна текущему пользователю; Ложь - в противном случае.
Описание:
Определяет доступность указанной роли текущему пользователю.
Пример:
Если Не РольДоступна("Менеджер") Тогда
Сообщить("Просмотр заявок от покупателей не разрешен!");
КонецЕсли;

В поле Период у движений в момент проведения можно записывать любую дату. Потом, конечно, и возникают вопросы с хронологией
+ как-бы логично с точки зрения предметной области, что сначала зп нужно начислить, а потом уже выдавать.
просмотрите обработку проведения - там должны быть ответы. тем более если Вы уже пробовали перепроводить документы, то скорее всего это не "кривое проведение", а закономерность.