Проблема оказалась банальной: при формировании первого документа списания, в следствии перепроведения которого потом поменялась цена товара, был записан но не проведен документ поступления данных товаров на склад. Позже документ был проведен, а цена бралась средняя на единицу номенклатуры!!!! Вот и получилось, что первоначально документы передачи брали одну цену, а при перевроведении подтянули другую, так как она на данный период по регистрам была уже инной...

И собственно решение: отменил проведение документа передачи товара который повлиял на изменение цены, провел интересующий меня документ с нужными ценами номенклатуры, а после вновь провел документ передачи...