Цитата(TipsyKID @ 25.09.14, 11:08)
расчета сумм начислений за период с начала месяца по дату документа начисления.
Т.е. фактически мы не можем рассчитать более чем 1 аванс.
Та не. Это не то. Что мешает выставить нужные даты в документе? И каким образом это влияет на то, что вместо начисленного аванса добавляется сумма удержанных налогов?

Бегло посмотрел тексты запросов.
При заполнении берутся суммы начислений из документов "НачислениеЗарплатыРаботникамОрганизаций" и вычитается сумма выплат из документов "ЗарплатаКВыплатеОрганизаций". Т. к. первая - "грязная", а вторая - "чистая", получаем разницу - суммы удержаний.
Вывод - "косяк" разработчиков.

Интересно, а это очень тяжело исправить?

Приводим ответ разработчиков.
================
Сейчас такой возможности нет - аванс по предварительному расчету можно начислять один раз в месяц. Реализация выплаты более двух раз потребует гораздо более сложного механизма учета выплаченного/невыплаченного аванса.
По Вашему обращению зарегистрировано предложение для сбора обращений.