Насколько я знаю - при выписке налоговой накладной для филиала в ней по рекомендации налоговиков должны быть указаны наименование и адрес филиала рядом с головным предприятием:
"У підкатегорії 130.21 ЄБПЗ податківці озвучили й вимоги до податкових накладних, які складають постачальники для філій (структурних підрозділів), яким делеговано право виписки податкової накладної. Тут вони зазначили: «Враховуючи визначений Порядок заповнення податкової накладної та специфіку податкового обліку у платників, які мають філії (відокремлені підрозділи), при складанні податкової накладної, яка надаватиметься філії (структурному підрозділу) платника податку, необхідно врахувати наступне:
•при заповненні реквізиту «Особа (платник податку) — покупець» разом із назвою головного підприємства, зареєстрованого як платник податку на додану вартість, необхідно зазначити назву філії або структурного підрозділу, яка фактично від імені головного підприємства (покупця) є стороною по договору та отримує товари (послуги);
•при заповненні реквізиту «Місцезнаходження покупця» вказується місцезнаходження юридичної особи, зареєстрованої як платник податку на додану вартість, поряд з яким МОЖЕ зазначатись адреса філії або структурного підрозділу, яка фактично є від імені головного підприємства (покупця) стороною по договору та отримує товари (послуги)» .

Если не ошибаюсь, там будет другая проблема. Все документы выписываются на филиал, а налоговая - на головную компанию. Просто вписать не получится, ИМХО.

Поправляюсь: ИНН и № св-ва плат-ка НДС берутся из карточки контрагента (не головного).

ИНН и № св-ва плат-ка НДС у головного контрагента заполнены?