"В 1С ведется партионный учет для целей расчета прибыли и пр. по система ФИФО" ну якщо пересорти великі то боюсь що такий розрахунок прибутку може вилязти боком при певних обставинах))
У Вас в УПП є гегістр накопичення "Товары на складах" який є оперативним і документи можуть проводитись по ньому в мінус (якщо проведення в мінус не заборонено узагалі в програмі), можна орієнтуючись по ньому оприходувати товари по мірі необхідності та списувати в кінці місяця надлишки.

можна також і рухи в документ "Инвентаризация" перенести, но тоді і друковані форми і аналітку і т.д. і т.п. мені знається що тут затрати не варті отриманого результату, тим більше що так чіткіше прослідковується логічна структура (одна госопдарська операція - один документ в системі) що є одним з принципів 1С

Працюю програмістом 1С на підприємстві

Почніть з книжок автора Радченко (сам починав) "1С:Предприятие 8.2. Практическое пособие разработчика. Примеры и типовые приемы" або - методички з курсів 1С (4 штуки) останніх випусків, після того як отримається загальне уявлення можна для приколу почитати Профессиональная разработка в системе 1С:Предприятие 8" (+DVD-ROM). Издание 2. А дальше читаєте і пробуєте на практиці книжки які стосуються окремих аспеків роботи.
Усі книжки представлені на офіційному сайті 1С