Было такое, именно при попытке выгрузить НН. Тоже перепробовал все что только можно - безрезультатно. Но все оказалось очень просто. При попытке сравнить с конфигурацией поставщика вообще вылетал конфигуратор. Но вылетал именно на отчете "РегламентированныеОтчетыНалоговаяНакладная" (этот отчет участвует в выгрузке). Тупо удаляем этот отчет. Дальше такая же чехорда с отчетом "РегламентированныеОтчетыПриложение2КНалоговойНакладной" (вылетал, удалили). Все. Дальше делаем сравнение/объединение с конф. поставщика и добавляем эти отчеты. Все заработало.