Выпадает предупреждение (комментарий) при расчете сотрудника совместителя: Нет сведений о базе индексации с основного места работы.
Документ ввод сведений об индексированном доходе создан для данного работника:

Не знаю, оно или не оно, но у вас ввод сведений об индексированном доходе по времени введен позже Начисления зарплаты.

Выдержка из инструкции:
"основания для индексации заработной платы по месту работы совместителя могут возникнуть только в случае, если заработная плата по основному месту работы меньше прожиточного минимума, установленного для трудоспособных лиц.
Важно!
Если в данный документ не внесена информация о заработной плате по основному месту работы, либо ее сумма превышает прожиточный минимум, индексация сотруднику-совместителю начисляться не будет."

Прожиточный минимум с 01.05.2016 - 1450 грн.

Может быть дело в этом.

Не знаю почему, но если дату в табличной части документа "ввод сведений об индексированном доходе" ставишь 01.08.2016 (то есть датой начисления зарплаты), то сообщения не выкидывается.