Конфигурация нетиповая. На базе файла конфигурации создал БД , для нее создал документ в нем запросом выбираю :

Функция ВыбратьСчетаДоходов ()
    
МассивДоходов = Новый Массив;
МассивДоходов.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.ДоходыИРезультатыДеятельности);
МассивДоходов.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.ДругойОперационныйДоход);
МассивДоходов.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.ДоходОтУчастияВКапитале);
    МассивДоходов.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.ДругиеДоходы);
    МассивДоходов.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.ЧрезвычайныеДоходы);
    МассивДоходов.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.СтраховыеПлатежи);
    
    Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.Текст = 
     "ВЫБРАТЬ
     |    Хозрасчетный.Ссылка
     |ИЗ
     |    ПланСчетов.Хозрасчетный КАК Хозрасчетный
     |ГДЕ
     |    Хозрасчетный.Родитель.Родитель В(&МассивДоходов)";
     
     Запрос.УстановитьПараметр("МассивДоходов", МассивДоходов);
     СчетаДоходов = Запрос.Выполнить().Выгрузить();
     
     
     Возврат  СчетаДоходов

 КонецФункции

Аналогичная функция по затратам. В моей, пробной БД, получаю нужные мне счета. У клиента объединяю конфигурации и в итоге функции ничего не возвращают. Что это может быть ? Права проверил. Ума не приложу. Да и вообще любой запрос к плану счетов не работает. К другим объектам запросы работают.

Так не бывает, что любой запрос не работает. Что, даже "Выбрать * Из ПланСчетов.Хозрасчетный КАК Т" - возвращает пусто? Если так, то там в плане счетов ничего нет, иначе не видя базу, можно гадать о причинах до бесконечности.

Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.Текст = 
     "ВЫБРАТЬ
     |    Хозрасчетный.Ссылка КАК Ссылка
     |ИЗ
     |    ПланСчетов.Хозрасчетный КАК Хозрасчетный" ;
     //|ГДЕ
     //|    Хозрасчетный.Родитель.Родитель В(&МассивДоходов)";
     //
     //Запрос.УстановитьПараметр("МассивДоходов", МассивДоходов);
     СчетаДоходов = Запрос.Выполнить().Выгрузить();
     
     
     Возврат  СчетаДоходов

Так работает.

Почему Первый запрос работает на вновь созданной базе, а на старой не работает , хоть убей?

В плане счетов либо нету счетов ДоходыИРезультатыДеятельности, ДругойОперационныйДоход, ДоходОтУчастияВКапитале, ДругиеДоходы, ЧрезвычайныеДоходы, СтраховыеПлатежи, либо они не на том уровне иерархии находятся.

Да , все верно, в рабочей базе не в каждом счете стоит подчиненность. Во вновь созданной базе она стоит везде. Почему подчиненность в некоторых счетах ушла? Странно, посмотрел типовую бухгалтерию в ней , например, 90 не подчинен 9-му , хотя 901 подчинен 90 - му. Я до конца не пойму , это принципиально или нет, чтоб , например все 9ХХХ-е в иерархии подчинялись 9-му. Если будет не так , на что это повлияет?

Есть такая настройка "Использовать классы счетов в качестве групп" или как-то так.