Столкнулся с такой необходимостью недавно пришлось покапаться пару часов. Дам полный ответ.
В бухгалтерии все порсто поменял в реквезите точность и все (почти).
В УТП и УПП посложнее будет в общем опишу свое конечное решение:
во 1-х в коде формы документа находим строку

КолонкиТаблицыЦен.Вставить(ОчереднойНомерКолонки, "цена" + НомерСоответствияТекущейКолонки, ОбщегоНазначения.ПолучитьОписаниеТиповЧисла(15, 2, ДопустимыйЗнак.Неотрицательный), СокрЛП(СтрокаТипаЦен.ТипЦен), 10);

Прописывем вместо "(15, 2, ..." "(15, 4, ..."
В документе у нас теперь 4 знака но если набить 4 знака и записать он все равно округлит его и напишет вместо 12,1234 - 12,1200
Это происходит из за установленного в справочнике "тип цен номенклатуры" округления.
Что бы это обойти стоит добавить в перечисления "ПорядокОкругления" еще 1 новое значение - "Окр0_0001" теперь в справочнике теперь можно выбрать округление до 0.0001.
Теперь данные что мы водим в док-те "Установка цен номенклатуры" записываются с 4 знаками но записываются то в регистр "ЦеныНоменклатуры" а там 2 знака здесь просто в реквизите тоже меняем точность на 4 знака.

Все. Осталось не забыть в конечных документах точность поднять что бы можно было автоматом выбрать в расходки и счета цены с нужным количеством знаков