Зайдите в правило конвертации свойств НДСприемника. (Если его нет - добавьте. Источник - например суммаСНДСисточник, приемник - НДСприемника. Тип источника, тип приемника - Число)
В правиле конвертации свойств на закладке "Основная", в обработчике "Перед выгрузкой" напишите:
Значение = Источник.суммаСНДСисточник - Источник.СуммаБЕЗндсисточника;