На примере УТ 3, т.к. УТ 11 сейчас рядом нету. Добавляете во второй запрос в конец такое:
ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.ШтрихкодыНоменклатуры КАК ШтрихкодыНоменклатуры
ПО ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Номенклатура = ШтрихкодыНоменклатуры.Номенклатура
И ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Характеристика = ШтрихкодыНоменклатуры.Характеристика
В выбираемых полях (во втором запросе, там где блок ВЫБРАТЬ) добавляете в конец (поставив запятую над строкой выше):
ШтрихкодыНоменклатуры.Штрихкод
Ну и в настройках СКД добавляете штрихкод куда надо.
Добавлено:Ой, это я на примере отчета ВедомостьПоТоварамНаСкладах смотрел. В других не точно так, но аналогично добавляется.