Еще раз спасибо всем кто советом поделился!
Проблема решилась организационно. Загвоздка была в том что мы пытались работать по старому устоявшемуся процессу, а нужно было подстроиться под 1С ЗУП.
В общем решили, раз при очередной выплате в начислении ЕСВ и НДФЛ удерживаются с работника, то при поступлении денег от ФСС можно полную сумму при выплате больничного отдать работнику, т.е. в зп ведомости налоги не рассчитывать. С банком решилось просто - даем им письмо, что налоги либо уже уплачены (если выплата в следующем месяце), либо будут уплачены при выплате ЗП.
Так что все устаканилось лучшим образом.