при приеме на работу вы должны были ставить в приказе не только оклад, а и индексацию (вместо суммы - 1). + каждый месяц заполнять справочник индекс инфляции.
При начислении зарплаты будет у работника 2 строки - зарплата и индексация и когда нажмете расчитать, она проставит само индексаци, если она нужна

НО с 21.06.2012 - изменились правила начисления индексации - а 1С врядли в последнем изменении это учла