Была такая проблемка в комплексной, для решения необходимо:
1)отключить торговлю-склад (в моем варианте не использовалась,а без отключению п.2 не выполнить,хотя..)
2)Появляется возможность изменить константу "вид взаиморасчетов по умолчанию"-ставим в разрезе договоров,
3)В справочнике контрагентов появляется возможность выбора-счета или договора,
соответственно счета прорежутся в субконто, а не в заказах