Я добился нормального обмена, там в конфигурации конвертация данных, можно кликать 2 раза по строке с объектами и попадаешь в модули, там много пришлось комментировать. Думаю MATEVI так и сделал. Что не будет получаться, так пишите, будем думать.
Почему не переносятся контрагенты и товары - не скажу. Может поставить у справочников где указано "Выгружать". ?

Решил такую проблему вот как:
1. В справочнике "правила обмена данными" (или как-то так) он выбирается в самом верху при запуске обмена.
2. Нажать кнопку "Выгрузить правила в файл" около надписи "Правила выгрузки в базу обмена".
3. В конфигурации "Конвертация данных, в мастере сделал загрузку этих правил.
4. ВидРасчетовНУ обнаружился в договоре, поставил галочку "отключить".
5. Сохранил в файл.
6. аналогично как в п. 2 только загрузил в справочник из файла.
Все заработало, правда выругалось уже на реквизит "ОтражатьВНалоговомУчете" (его тоже удалили). в документе Реализация товаров и услуг. С ним такая штука почему то не прошла, пришлось вернуть его в конфигурации бухгалтерия. И вот тут все окончательно заработало.