И все таки я не понимаю по НДС: прошел аванс - НДС не начислен, приходная накладная НДС Дт6442, налоговая накладная: Дт641 кт 6442, но если аванс меньше прихода или больше каким документом регулируется счет 6441?

Я так и делаю! Еще раз подробнее: конфигурация 1С8 УПП проводку Д6442 по платежному поручению не делает. По налоговой накладной Д641 К 6442.
бухгалтерский учет я знаю. Сейчас изучаю 1С8, и поэтому у меня возникают вопросы, и я считаю что это нормально.

А как это?

В продолжении темы про НДС.
Пример Предоплата за товары по платежному поручению проводки Д371К311 1000,00 по "регистрация авансов": Д6442К6441 166,67
Приход К631 2000,00, а НДС относит на 6442 333,33, а нужно, чтобы проходили проводки: Д 6441К631 333,33 грн и Д6442 К6441 166,66 грн
То есть получается нужно вручную менять счет 6442 на 6441 во вкладке Параметры взаиморасчетов, а тогда в каком документе будет проводка Д6442 К6441? Нет ли возможности автоматизировать этот процесс (например как 1С7.7)?