УРАААА решено, докопался. Всё как всегда очень просто. Оказывается дело таки в настройках учета.
Объясню: если в настройках учетной политики (налоговый учет) в "Схема налогооблажения" первая запись стоит любая схема не включающая НДС, то колонки "Ставка НДС" и "Сумма НДС" по умолчанию выводится не будут, надо в каждом приходе или расходе выбирать "Цены и валюта" и ставить галочки на НДС.
А если у предприятия (как у меня) сначала НДС небыло, был налог на прибыль, можна ввести схему учета с НДС и поле "Организация" оставить пустым.
Спасибо всем кто откликнулся.