Нашел алгоритм по работе с переходящими больничными который нам подходит.
Напишу, может кому-то пригодится.

В конце месяца работник ОК просматривает списки неявок по проходной и, если человек не является, делает следующее:
1. вводит документ Отсутствие на работе организаций
вводит по этому сотруднику две строки, первая с состоянием Отсутствует по невыясненной причине с той даты с которой он заболел
вторая - с состоянием Работает на первый день следующего месяца.
2. в этом документе (Отсутствие на работе организаций) нажимает кнопку Открыть начисления
и формирует и проводит документы Невыходы в организациях.

Если теперь перезаполнить табеля, то у всех сотрудников кто не вышел на работу до конца месяца будет стоять Неявки по невыясненным причинам (нз)

3. Когда сотрудник приносит больничный, то вносим и заполняем его как обычно он расчитывается правильно и сторнирует записи по неявкам.

Если теперь перезаполнить табеля то у этих сотрудников и в текущем месяце и в предыдущем будет в табеле Больничный (тн)