Один из немаловажных вопросов для начала работы системы.
Последовательность документов, действия, реквизиты стоят неосознанными
как правильно выполнить такую задачу?

Цитирую из хэлпа:

"Документ "Корректировка долга" предназначен для корректировки задолженности контрагента.

Документ позволяет осуществлять следующие виды операций:

Проведение взаимозачета
Перенос задолженности
Списание задолженности
Ввод начальных остатков
В документе указывается контрагент по которому необходимо произвести корректировку долга. "
далее по тексту.

Пример заполнения документа можно посмотреть в демо-базе.