//Выбираем товары с существующими доп. реквизитами
Запрос = Новый Запрос;
Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
| НоменклатураДополнительныеРеквизиты.Ссылка КАК Ссылка
|ИЗ
| Справочник.Номенклатура.ДополнительныеРеквизиты КАК НоменклатураДополнительныеРеквизиты";
Выборка = Запрос.Выполнить().Выбрать();
Пока Выборка.Следующий() Цикл
Об = Выборка.Ссылка.ПолучитьОбъект();
Об.ДополнительныеРеквизиты.Очистить();
Об.записать();
КонецЦикла;
Если после этого доп. реквизиты останутся, нужно смотреть что в ПередЗаписью().
Если там принудительно заполняется ТЧ, то в свой код перед записью добавить:
Об.ОбменДанными.Загрузка = Истина;