Есть счет 97. У него и у всех счетов 97х установлен вид субконто СтатьиНеоперационныхРасходов. Что может случиться плохого, если я добавлю новый субсчет 97х с видом субконто отличным от СтатьиНеоперационныхРасходов?

Думаю ничего

Просто, помнится мне, в 7.7 нельзя было переопределить субконто в субсчете, если в родителе задано какое-то. Это ж не спроста?

Не знаю что там было в 7.7, в 8-ке можно так, в типовых планах счетов можно в этом убедиться (под рукой нет, но какие-то 37х, 65х такое имеют, там перемешка контрагентов и работников, а группа имеет только контрагента)

Технически в 8 счета можно тусовать между папками как в каком-нибудь справочнике.